澳洲基督教华人卫理公会和任何一间现代卫理公会都有所不同。通常，英国本土之外的任何一间卫理教会都是由一个差会的海外宣教事工来建立的。从各教会的历史中，可以看到美洲、欧洲、非洲和亚洲的卫理教会都是这样建立的。同样，先前的澳洲卫理公会也是如此，如今已成为联合教会的一员。因着这样的建立方式，这些卫理公会一开始就有着鲜明的卫理特征。

然而，澳洲基督教华人卫理公会却起源于早期的本地教会。最早的Kew华人基督教会是由夏长华牧师于1986年建立（之后于1991年在墨尔本注册为澳洲基督教华人卫理公会）。作为马来西亚砂捞越华人年议会认可的宣教士，夏牧师于1989年开始在布里斯本建立华人卫理教会（即现在的福恩堂），随后又在新南威尔士州和南澳建立更多布道站。

同时，砂捞越年议会的萧昭和牧师也在西澳建立了一间卫理教会。这些本地教会于1994年合并成为澳洲卫理公会宣教议会，其建立架构是引用马来西亚卫理公会法规。澳洲卫理公会临时年议会于1998年成立。最终，澳洲基督教华人卫理公会于2002年成立。

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